Из водных объектов, расположенных на территории Российской Федерации, в Список Всемирного природного наследия включены оз. Байкал и Телецкое, водный бассейн оз. Убсу-Нур.

Оз. Байкал – самое глубокое озеро мира, максимальная его глубина достигает 1642 м.

По объему воды (23 тыс. км3) Байкал содержит около 90% запасов поверхностных вод России. Суммарный годовой сток крупнейших рек России составляет около 10% объема воды Байкала.

Вода отличается необыкновенной чистотой – прозрачность вод достигает глубины 40 м. Длина Байкала – 636 км, наибольшая ширина – 79,5 км, наименьшая – 25 км. Длина береговой линии более 2000 км, площадь водного зеркала 31,5 тыс. км2. Площадь водосбора – около 571 тыс. км2. В озеро впадает более 300 рек и ручьев, свыше половины притока дает Селенга. Вытекает одна р. Ангара.

Из 2630 видов и подвидов животных и растений более 2000 являются эндемиками, т.е. больше нигде в мире не встречаются.

Видовое разнообразие не имеет равных среди древних и великих озер мира. В Байкале ежегодно обнаруживается и описывается более 20 новых видов беспозвоночных животных.

Федеральным законом «Об охране озера Байкал» установлена Байкальская природная территория (БПТ), площадью 386 тыс. км2. Площадь БПТ сравнима с суммарной площадью всех заповедников и национальных парков России (453 тыс. км2 в 2013 г.). Площадь ООПТ в пределах БПТ равна 39,7 тыс. км2, что составляет 10% от площади БПТ и представлена пятью заповедниками, тремя национальными парками, 23-мя заказниками, 128-мью памятниками природы, одним ботаническим садом, лечебно-оздоровительными местностями и курортами.

Сохранение Байкала для настоящих и будущих поколений, как мирового источника чистой пресной воды, как природного участка с неповторимыми ландшафтами и уникальной фауной и флорой, является главной природоохранной задачей и важнейшим условием устойчивого развития Байкальского региона.

Оз. Телецкое – жемчужина Горного Алтая (расположено в Турчинском и Улаганском районах Республики Алтай). В 1998 г. Телецкое озеро наряду с государственными природными заповедниками Алтайский и Катунский, горой Белухой, природным парком – зоной покоя Укок, получило статус объекта Всемирного природного наследия ЮНЕСКО «Алтай – золотые горы». Озеро относится к глубочайшим водоёмам России, хотя площадь акватории относительно невелика – 223 кв. км3, его максимальная глубина достигает 325 м. Озеро является вторым по глубине водоемом России после Байкала. Озеро вмещает до 40 км3 чистой пресной воды с прозрачностью до 12-15 м. В него впадает 71 река (наиболее мощная из них Чулышман) и 150 временных водотоков, а вытекает только одна р. Бия. Особенностью водного режима является то, что узкая и мелкая северная часть озера покрывается льдом, а южная, глубокая, замерзает только раз в три года. В озере и верховьях р. Бии обитают два редких вида сига – телецкий сиг и сиг Правдина. Местные народы испокон века звали Телецкое озеро Алтын-Колём, т.е. Золотое озеро. Озеро находится на территории Алтайского государственного природного заповедника и используется в целях рекреации и туризма. Самовольное заселение прибрежной полосы, интенсивное использование акватории озера в качестве транспортной артерии, многочисленный маломерный флот создают высокую антропогенную нагрузку на водоем, снижая качество озерной воды, особенно в северной части озера.

Для решения проблем сохранения уникального водоема создано некоммерческое партнерство «Совет Телецкого озера». На Телецком озере и в природном парке «Белуха» проведена работа по определению допустимых рекреационных нагрузок на природный комплекс. Для сохранения основной водной артерии Телецкого озера реки Челушман, рационального природопользования при оказании услуг в сфере экотуризма и занятости населения постановлением Правительства РА создан природный парк «Ак-Чолушпа».

Оз. Убсу-Нур – самое крупное солёное озеро в Монгольской Народной Республике, северная оконечность которого находится на территории России. Площадь водного зеркала составляет 3350 км2, находится на высоте 753 м над уровнем моря, с высоким содержанием соли. Озеро примечательно тем, что является абсолютно бессточным и располагается в так называемой Котловине Больших Озёр. Убсу-Нур небольшое напоминание о некогда находившемся здесь море. Котловина Больших Озёр – это огромная межгорная впадина, окружённая горными хребтами со всех сторон. Её протяжённость с севера на юг составляет 160, а с запада на восток 600 км. В самой низкой части впадины собственно и располагаются озёра. Оз. Убсу-Нур играет роль небольшого внутреннего моря, в которое впадают реки, текущие с окружающих котловину хребтов. Эти водные артерии при впадении образуют обширные дельты, способствуя заболачиванию местности.

Оз. Убсу-Нур – самый северный замкнутый водный бассейн в Центральной Азии. Годовое колебание температуры воздуха может составлять минус 58оС зимой и плюс 47оС весной.

В 1993 г. был создан государственный природный биосферный заповедник «Убсунурская котловина», кластерные участки которого находятся на территории Республики Тыва, в Монголии озеро так же находится под охраной. С 2003 г. эта особо охраняемая природная территория в составе совместного Российско-Монгольского проекта Убсунурский бассейн стала объектом Всемирного наследия ЮНЕСКО. Объект состоит из 12 разрозненных участков (в т.ч. в России семь участков, площадью 258,6 тыс. га), которые представляют все основные типы ландшафтов, характерных для Восточной Евразии.

Убсунурская котловина – это островок уникального биоразнообразия, сосредоточенный на небольшой территории в суровых природных условиях. Через территорию котловины Больших озер пролегает древний центрально-азиатский путь миграции водоплавающих Западной и Средней Сибири, по которому в течение нескольких тысяч лет бесконечные поколения лебедей, гусей и уток направляются к побережью Желтого моря и далее в Юго-Восточную Азию.